« Eon Blue Apocalypse » est un bref instrumental d'une minute servant de transition vers « The Patient », la troisième piste de l'album.
Fait intéressant, il s'agit d'un hommage personnel du guitariste Adam Jones à son chien, Eon Blue, décédé pendant l'enregistrement de l'album. Musicalement, « Eon Blue Apocalypse » se distingue par des arpèges de guitare éthérés et des effets de volume, créant une atmosphère introspective et mélancolique. Cette ambiance prépare l'auditeur à l'intensité émotionnelle de « The Patient ».
Bien que court, ce morceau illustre la capacité de Tool à évoquer des émotions profondes à travers des compositions instrumentales minimalistes. Il témoigne également de la cohésion de l'album, où chaque piste s'enchaîne de manière fluide pour créer une expérience auditive immersive. En d'autres termes, il n'est pas à négliger.